Jean Domat ou Daumat est né à Clairmont (aujourd'hui un quartier de Clermont-Ferrand) le 30 novembre 1625 dans une famille de la petite bourgeoisie.
Son grand-oncle, le père jésuite Sirmond, confesseur de Louis XIII, se charge de son éducation et le fait entrer au Collège de Clermont à Paris (aujourd'hui le Lycée Louis-Le-Grand), tenu par les Jésuites. Il se rend ensuite à l'université de Bourges pour étudier le droit et obtient son doctorat en 1645, à l'âge de 20 ans. Son diplôme en poche, il revient à Clermont où il officie au barreau pendant dix ans. Le 8 juillet 1648, il épouse Antoinette Blondel, issue d'une famille de robe, et cousine issue de germains de Blaise Pascal. Il en a cinq enfants.
C'est lors d'un séjour d'Etienne Pascal et de ses enfants à Clermont-Ferrand entre mai 1649 et novembre 1650, que Jean Domat et Blaise Pascal se retrouvent régulièrement. Ils deviennent alors amis très proches, et partagent les mêmes valeurs religieuses et intellectuelles. Ami de Port-Royal, Jean Domat est aux côtés de Blaise Pascal dans les luttes jansénistes et lui rend souvent visite à Paris. Les jésuites le considèrent comme un de leurs principaux adversaires, et voient en lui le chef du parti janséniste à Clermont. Jean Domat se trouve auprès de Blaise Pascal dans ses derniers moments. A la mort de Pascal, Domat se voit confier ses papiers personnels et le quart du droit qu'il possède sur les carrosses à cinq sols.
Jean Domat, qui aime le dessin, réalise le célèbre portrait à la sanguine de son ami, collé au contreplat supérieur de l'exemplaire Corpus juris civilis, Lyon, 1583, qui appartenait à Domat et lui servit dans la rédaction de ses travaux sur Les lois civiles. Cet exemplaire est aujourd'hui conservé à la Bibliothèque nationale de France. Les murs de sa maison de campagne de Mirefleurs portent également de nombreuses traces de dessins qui peuvent peut-être lui être attribués.
Le 23 mai 1655, il achète la charge d'avocat du roi au présidial de Clermont. En 1664, il devient échevin de la ville de Clermont-Ferrand. En 1665-1666, il participe à la tenue des Grands jours d'Auvergne où il rencontre de grands magistrats parisiens tels Denis Talon, Nicolas Potier de Novion et Claude Le Pelletier.
A la fin des années 1670, il entreprend la rédaction d'un ouvrage sur les subtilités du droit et l'étude des lois qu'il destine à ceux de ses enfants qui voudraient se consacrer à la jurisprudence. Ses amis et relations parisiennes prennent connaissance de ce livre et le poussent à le publier. C'est ainsi que Claude Le Pelletier l'incite à présenter au roi le plan de ce qui deviendra Les lois civiles. Louis XIV lui accorde une pension de 2 000 livres lui permettant de s'installer à Paris et de continuer la rédaction de son ouvrage qu'il poursuivra jusqu'à sa mort, le 16 mars 1696, à l'âge de soixante-dix ans.
Entre 1689 et 1694 paraîtra la première édition des Lois civiles dans leur ordre naturel, précédées par le Traité des Lois. En 1697, un an après la mort de Domat, parait Le Droit public et en 1700 le Legum Delectus, choix des lois les plus usuelles renfermées dans les recueils de Justinien.